Αφού εγκαταστάθηκε στο Γκριν Χιλς, ο Sonic θέλει να αποδείξει πως είναι αληθινός ήρωας. Η ώρα να δοκιμαστεί φτάνει με την επιστροφή του Δρ. Ρομπότνικ (Τζιμ Κάρεϊ), ο οποίος αναζητάει, μαζί με τον νέο συνεργάτη του, τον Knuckles, ένα σμαράγδι με τη δύναμη να αφανίζει πολιτισμούς. Ο Sonic ξεκινάει μαζί με τον Tails ένα ταξίδι ανα την υφήλιο, προκειμένου να βρουν το σμαράγδι προτού πέσει στα λάθος χέρια.