Ο κόσμος είναι ένα παράξενο αλλά γαλήνιο μυστήριο για τη μικρή Αμελί, ώσπου μια απρόσμενη συνάντηση με τη σοκολάτα ξυπνά την αστείρευτη περιέργειά της. Καθώς δένεται όλο και περισσότερο με τη Νισίο-σαν, την οικονόμο της οικογένειας, η Αμελί αρχίζει να ανακαλύπτει τα θαύματα της φύσης αλλά και τις συναισθηματικές αλήθειες που κρύβονται κάτω από την επιφάνεια της φαινομενικά ειδυλλιακής ζωής της οικογένειάς της ως ξένων στην μεταπολεμική Ιαπωνία.